MI Negeri 6 Kuningan merupakan salah satu Madrasah Ibtidaiyah Negeri unggulan yang ada di Kabupaten Kuningan. Pada awalnya Madrasah Ibtidaiyah ini merupakan MI Swasta yang dikelola oleh masyarakat desa Padamatang dengan nama MI LKMD Padamatang.

Seiring berjalanya waktu, atas dukungan dan keinginan masyarakat serta tokoh di Desa Padamatang, akhirnya MI LKMD Padamatang diajukan ke pemerintah melalui Departemen Agama untuk diubah menjadi Madrasah Ibtidaiyah Negeri.

Tahun 2009 tepatnya tanggal 13 Oktober, MI LKMD Padamatang secara resmi berubah menjadi MI Negeri Padamatang, yang peresmianya dilaksanakn oleh Bapak H. Encu Sukat WS, MA. sebagai Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Kuningan pada saat itu.

Dalam perjalananya MI Negeri Padamatang berubah nama menjadi MI Negeri 6 Kuningan sesuai nomenkelatur di Kementerian Agama Tahun 2015.